일본에서 사업을 영위하는 법인은 기본적으로 법인세 및 소비세(부가가치세)를 납부할 의무가 있습니다. 이 과세 의무는 주주가 일본 국내 투자자인지 또는 외국인 투자자인지 여부와 관계없이 동일하게 적용됩니다.

외국 기업 입장에서 가장 중요한 세무 이슈 중 하나는 바로 ‘과세 권한의 범위’입니다. 국가에 따라서는 법인세를 국내 원천 소득에만 부과하고 해외에서 발생한 소득에는 과세하지 않는 경우(영토주의 과세)가 있습니다. 이와 대조적으로, 일본은 일반적으로 일본 내국법인에 대하여 소득을 일본 국내에서 얻었는지 또는 국외에서 얻었는지를 불문하고 ‘전세계 소득(Worldwide Income)’에 대해 과세하는 원칙을 채택하고 있습니다.

만약 외국 회사가 별도의 일본 법인을 설립하지 않고 지사(회사법상 영업소) 등 다른 형태로 일본 내에서 사업을 수행하는 경우에는, 오직 ‘일본 내의 사업 활동에 귀속되는 소득’에 한하여 일본 법인세의 과세 대상이 됩니다. 구체적으로는 일본 내의 지점, 지사, 공장 등 ‘恒久的施設(영구적 시설·Permanent Establishment: PE)’을 구성하는 거점으로부터 발생한 소득에 한해 일본 당국이 과세권을 행사합니다.

또한, 외국 투자자의 본국(예: 한국)과 일본 사이에 ‘조세조약(Double Taxation Treaty)’이 체결되어 있는 경우에는 법정 요건에 따라 일정 세목에 대한 감면 또는 면제 혜택을 받을 수 있습니다. 이러한 조세조약상의 세제 혜택을 적용받기 위해서는, 해당 조약에 규정된 소정의 면제 신청 및 신고 절차를 투자 실행 전에 미리 완료해 두어야 합니다.