일본의 주식회사(KK)와 합동회사(GK)의 주요 차이점은 다음과 같습니다.

첫째, 주식회사는 주주가 직접 사업을 경영하지 않는 것이 원칙이지만, 합동회사는 일반적으로 사원(소유자)이 직접 사업 경영에 참여합니다. 주식회사 구조에서는 주주가 주주총회를 통해 회사의 기본적이고 중대한 사항을 결정하고, 일상적인 경영 업무는 이사회(이사)에게 위임합니다. 이와 대조적으로 합동회사에서는 회사에 자본을 출자한 사원의 전원 또는 일부가 직접 사업을 수행하고 경영권을 행사합니다.

이에 따라 주식회사를 설립할 때는 최소 1명 이상의 이사를 선임해야 하며, 매 사업연도마다 재무제표(계산서류)를 승인하기 위해 최소 연 1회 이상 주주총회를 개최해야 합니다. 반면 합동회사에는 이러한 번거로운 절차가 요구되지 않습니다.

둘째, 합동회사는 설립 및 유지에 드는 비용과 관리 부담이 주식회사에 비해 상대적으로 낮은 편입니다. 예를 들어 주식회사의 등록면허세는 15만 엔 또는 자본금의 0.7% 중 더 높은 금액이 부과됩니다. 반면 합동회사의 등록면허세는 6만 엔 또는 자본금의 0.7% 중 더 높은 금액으로 책정됩니다. 게다가 주식회사는 정관 작성 후 공증인의 인증을 받아야 하는 의무가 있지만, 합동회사의 정관은 그러한 공증 인증 절차가 필요 없습니다.

셋째, 대외적 신용도와 자금 조달 면에서는 주식회사가 유리합니다. 주식회사는 매 사업연도마다 대차대조표를 결산 공고할 의무가 있어, 시장에서는 일반적으로 합동회사보다 투명성이 높고 사회적 신용도가 우수한 것으로 평가받습니다. 아울러 주식회사는 경영에 직접 참여하지 않고 투자만 원하는 순수 투자자들을 유치하기에 용이하므로, 대규모 자금 조달에 훨씬 적합합니다.

마지막으로, 일본 진출 시 주식회사와 합동회사 중 어느 형태를 선택할지 결정할 때는 본국(외국 본사)에서의 세무상 취급 방식도 반드시 함께 고려해야 합니다. 예를 들어 미국의 경우, 일본의 합동회사(GK)는 세법상 패스스루(Pass-through) 법인(※법인 단계에서는 과세되지 않고 출자자에게 직접 과세되는 형태)으로 인정받아 세무 최적화에 활용되는 경우가 있습니다.