第一，所有权与经营权的分离度不同
在株式会社（KK）中，股东（所有者）通常不直接参与日常业务经营，而是通过股东大会决定公司根本性重大事项，并将日常经营权委任给董事（取締役）。与之形成鲜明对比的是，合同会社（GK）普遍实行“所有与经营合一”的模式，即对公司出资的全体社员（所有者）或部分社员直接负责公司的日常经营活动。
因此，设立KK时必须依法至少选任一名董事，且每个财政年度结束时必须至少召开一次定期股东大会以审议并批准财务报表（计算書類）。而GK在法律程序上则无需履行上述繁琐的法定期日及会议召开程序。

第二，设立与维持的行政财务成本不同
在设立及后续维持的成本与管理负担上，GK通常要明显低于KK。

注册许可税（登録免許税）： KK的起征点为15万日元（或资本金的0.7%，以高者为准）；而GK的起征点仅为6万日元（或资本金的0.7%，以高者为准）。

章程公证（定款認証）： KK的初始章程必须经过日本公证处的公证人进行法定认证并缴纳公证费；而GK的章程则完全无需办理此类公证认证程序。

第三，社会的信用度与资金筹措能力的差异
虽然GK在成本上具备明显优势，但KK在每个财政年度结束时都负有依法向社会公告其资产负债表（決算公告）的法定义务。正因如此，在日本本土商业市场及传统金融机构眼中，KK普遍被认为比GK拥有更高的市场透明度、品牌公信力和社会的信用度。此外，KK更易于吸引那些“仅希望投资获取红利、而不直接参与公司管理”的外部财务投资人，因此在后续的多元化资金筹措（如发行新股、融资租赁等）方面，KK往往表现出更强的制度适配性。

第四，投资者母国税收治理上的特殊考量
决定选择KK还是GK时，还必须深入评估该组织形式在投资者母国税法项下所带来的不同税务结果。例如，对于美国投资者而言，日本的合同会社（GK）在满足特定合规条件的前提下，可以在美国联邦税法项下申请被认定为“穿透实体（Pass-through Entity / ※即在法人阶段免征企业所得税，将损益直接穿透归集至出资人层面计征个人或母公司所得税的形态）”，从而有效实现跨境的税务优化。