在株式会社（KK）的组织架构中，股东大会（株主総会）及至少一名董事（取締役）属于法定的必备机关。当董事人数达到两名或以上时，公司可以选择设置董事会（取締役会）。

第一，股东大会与董事（会）的权责划分
在一般株式会社中，股东大会负责对公司的根本性重大事项做出决议，而董事则负责执行公司的日常具体业务。
对于设置了董事会的公司，权责则进一步划分：董事会负责对公司核心的业务经营做出决策，而代表董事（代表取締役）则负责具体执行董事会的这些决议。董事会可以将特定的具体事项委任给个别董事去处理；但依据日本《公司法》，涉及公司根本利益的重大事项（例如：重要资产的处分、业务重要组成部分的转让等），属于董事会的专属专属权限，依法严禁委任给个别董事单独决定。

第二，管理层的选任与解任机制
关于公司核心管理人员的任免程序，日本法律有着严格的层级规定：

董事（取締役）： 无论其是否兼任其他职务，其选任与解任的最终决定权均完全属于股东大会。

代表董事（代表取締役）： 在设置董事会的公司中，代表董事由董事会通过决议的方式从全体董事中选定或免职。

第三，监督机关的设置与审计权限的限定
凡是设置了董事会的株式会社，原则上依法必须同时设置监事（監査役，或在特定治理模式下设置审计等委员会的委员）作为法定的监督机关。监事的核心职责是依法对公司的财务报表（计算書類）以及董事的职务执行合规性进行全面审计监督。不过，对于非上市的闭锁型公司，可以通过在公司章程（定款）中明确记载的方式，将监事的法定职权合法地限定在仅负责“会计审计”的范围内。