如果未来企业决定停止在日本的业务并关闭日本法人，通常需要按照以下法定步骤办理株式会社的关闭与清算手续：

第一，召开股东大会并通过解散决议（进入清算阶段）
首先，必须召开股东大会并依法表决通过公司解散的决议。该决议一旦正式成立，公司即依法进入法定的清算程序。

第二，开展业务清理与债权债务处理（清算人的职责）
在清算程序期间，公司必须对现有的业务及资产负债进行彻底清理。具体工作包括：依法解雇员工、向债权人清偿现有债务、以及通过变卖公司资产将其转化为现金（以便后续向股东分配）。上述清算事务由清算人（清算人）负责执行。除非公司章程（定款）中另有特殊规定，否则原公司的董事将依法自动出任清算人。

第三，分配剩余财产与办理清算注销登记（程序终结）
在公司所有的债务均已清偿完毕且清算事务全部完成后，若公司仍有剩余财产，则应当按照各股东的持股比例进行法定分配。最后，清算人必须向公司总部所在地管辖的法务局（Legal Affairs Bureau）正式提交清算结了（清算结业）的登记申请。登记手续一旦完成，公司在法律上的法人主体资格即告消灭。