在日本，公司依法负有缴纳法人税（企业所得税）及消费税的义务。无论公司股东是日本国内投资者还是外国投资者，这一纳税义务均同样适用。

第一，明确日本法人的全世界所得税制
对于外国公司而言，核心关注的焦点之一在于课税范围。在部分国家或地区，企业所得税仅针对境内源泉所得征收，境外所得则不予课税。与此相对，日本原则上对“内国法人（即在日本设立的子公司/日本法人）”实行全世界所得税制，即无论该所得是在日本国内还是国外获取，均须在日本合并申报纳税。

第二，确立非日本法人（如分公司）的恒久性设施（PE）课税原则
若外国公司未设立日本法人，而是直接在日本开展业务（例如通过依据《公司法》设立的分公司/支店开展经营），则仅就归属于其在日本境内业务活动的所得向日本政府纳税。具体而言，只有通过其在日本境内设立的分公司、工厂等被认定为“恒久性设施（Permanent Establishment：PE）”的据点所产生的源泉所得，才会触发日本的课税义务。

第三，合理利用双边租税条约减免税负
此外，若投资者母国与日本之间签署了双边租税条约（避免双重征税协定），特定类别的税目可能获得法定减免或豁免。需要特别注意的是，为了享受此类条约项下的税收优惠或减免措施，企业必须依法提前办理并完成所适用租税条约中规定的法定前置手续。